Uma antiga tradição diz que, em 1364, o lituano mordomo de nome Гоштаутас, convidou o país a 14 de frades franciscanos e deu-lhes casa, para que eles possam se estabelecer no país. Quando Гоштаутаса partiu, todos os monges foram mortos. Algum tempo depois, mordomo convidou outros frades franciscanos. Novos monges ele fez habitar em outro lugar, e no lugar de mortos por monges, ele construiu uma igreja em homenagem a santa Cruz.

Em 1524 igreja ateou fogo. Em 1635, a este lugar, habitaram os sacerdotes бонифратры. Eles começaram a sua actividade com que construiu a nova igreja de santa Cruz, fundou junto com o nome do mosteiro e abriram no local de um mosteiro do hospital. Mais tarde, o hospital foi transformado em abrigo para criminosos insanos. A igreja Гоштаутаса foi levado sob монастырское sala. Hospital psiquiátrico agiu aqui até 1903, quando foi traduzido em novos edifícios construídos especificamente para o hospital psiquiátrico.

No ano de 1737 a igreja mais uma vez queimado. Em 1748 a igreja foi restaurada, foi totalmente ремонтирован interior, foram construídas seis altares, e foi instalado костельная departamento, construída em estilo barroco. Assim, em estilo barroco, apresenta a fachada e o próprio edifício do mosteiro. Apesar de que, após esta restauração no exterior de edifícios surgiram e elementos rococó. Dentro do templo destaca majestosamente sobre o amplo espaço de pedra, em forma de cruz do triunfo. Interessante combinação de elementos arquitetônicos barroco, rococó e неорококо.

No local do templo está a fonte, que é considerado o operador de milagres. Lendas dizem que a fonte apareceu inesperadamente perto de estátua da Imaculada Conceição. Este é o lugar, onde foram submetidos a tortura убиенные monges franciscanos. Dizem que é especialmente benéfico a água desta fonte para os doentes que sofrem de doenças oculares.

Em костеле ainda existem e milagroso cruz, que é instalado acima do altar principal. Abaixo da cruz se encontra a imagem Da virgem Maria com o menino jesus. Supostamente, o padrão escrito no século 17, mas доподлинное a origem da pintura desconhecido. Ela também classificados entre чудотворным criações. A cópia do milagre da pintura Da virgem Maria com o menino jesus, em forma de mural, você pode ver a fachada principal da Igreja. Ela está sob um tecto frontão, construído no ano de 1737 entre duas torres laterais da igreja.

Entre 1914 e 1924 anos no templo foram realizados serviços especiais para alunos da lituânia escolas. No período, quando Vilnius a Polônia foi invadida, no templo, não foram realizados os serviços em lituano.Em 1843, a Ordem бонифратров foi abolida, e no lugar do mosteiro resta apenas a sua representação. Em 1909, a igreja foi novamente ремонтирован. Após a Primeira guerra mundial, em 1924, o bispo Юргис Матулайтис convidou бонифратров voltar para o mosteiro de santa Cruz. O retorno dos monges no mosteiro foi muito своевременен. Eles têm reparado igreja, воздвигнув nela seis altares. Também eles edificaram ao mosteiro de santa abrigo para idosos e utilização gratuita da sala de jantar para a necessidade de "Caritas".

No início da Segunda guerra mundial, os irmãos da Вильны foram revogados ordem бонифратров. Em 1947, o mosteiro de protegeu as irmãs da congregação "da Imaculada Conceição Da bem-aventurada Virgem Maria". No entanto, prevaleceu eles estão aqui por muito tempo. Os soviéticos, as autoridades fecharam em 1949, e o mosteiro, e o templo. Em edifícios do mosteiro foram localizados apartamentos residenciais.

Em 1976, o templo отреставрировали e fizeram nele uma sala de concertos Вильнюсской filarmônica, o assim chamado "Pequeno salão do barroco". Aqui se faziam concertos de órgão.

Вильнюсское arcebispado recebeu de volta a sua construção apenas após a mudança de estado de construção, na década de 1990. O templo e o convento foram restaurados, santificados e transferido para a recém-freiras da congregação irmãs da Imaculada Conceição Da bem-aventurada Virgem Maria".