A primeira universidade de Pécs apareceu em 1367 г. como uma das mais antigas da Europa Central, de Luís, o Grande, ela foi abaixo durante a ocupação otomana. Em 1921, o ex-Húngaro, da universidade de Bratislava. Bratislava, húngaro : Пожонь), mudou-se em Pécs, é результатом1982 Janus Паннониус da universidade ( Janus Паннониус Tudományegyetem, JPTE ).

A primeira universidade a Pec foi criada Luís I da Hungria em 1367. Просуществовав como um único centro de educação de algumas décadas, em meados do século 15 foi dividida em duas escolas - de direito e de teologia. Durante a ocupação turca da universidade foi fechada, e a abriu suas portas apenas em 1785, quando José II viajou Royal Academy de Györ em Pécs. Em 1802, a Academia Real voltou em Gyor, por ordem de Francisco I, e instituições de ensino superior no Pec não foi até 1833, quando o bispo da cidade de Pécs, sob a égide urbano do senado fundou, em Pécs Academia com faculdades direito e filosofia.

Contemporâneo da universidade de Pécs foi fundada em 1912 e, inicialmente, estava em Пожонь (atual Bratislava). Após a Primeira guerra mundial Пожонь foi анексирован da Hungria, e, em 1921, mudou-se para a universidade de Pécs, onde permanece até hoje. Em 1951, a faculdade de medicina da universidade foi separado, e até o ano de 2000 foi separado da instituição. Em 1982, a universidade recebeu o nome de Janus Паннониуса. Uma verdadeira universidade de Pécs foi criado a 1 de janeiro de 2000, através da fusão da universidade de Janus Паннониуса, da universidade Médica da cidade e de formação de professores da faculdade.