A igreja de San Sebastian está localizado no topo de uma colina, perto do mercado do peixe, na parte norte da cidade velha de Lagos. Com isso, o espaço oferece uma deslumbrante vista panorâmica sobre a baía. A igreja é considerada uma das mais antigas e belas igrejas da cidade.

Ainda antes de a igreja foi construída, no lugar em 1325 ficava a capela da Imaculada Conceição Da bem-aventurada Virgem Maria. Em 1463, o bispo Жуао de Mello contribuiu para este lugar foi construída a igreja. Em 1490, por ordem do rei de Portugal, d. Жуао II, novamente foram realizadas реконструкционные trabalho, e a igreja foi ampliada. Depois disso, a igreja consagrou como a igreja de San Sebastián (igreja de são Sebastião). Infelizmente, como aconteceu com muitos edifícios históricos em Portugal, a igreja foi praticamente destruída durante o terremoto de Lisboa em 1755. A igreja restaurada, e dois séculos mais tarde, a igreja foi novamente destruída por um terremoto, que ocorreu em 1969. Com o tempo, a igreja foi novamente restaurado.

Dentro da igreja de três naves, divididas por дорическими colunas. Original para o altar principal da igreja data do século XVI. O altar é composto por quatro painéis. Supõe-se que os painéis criados um dos artistas mais conhecidos do Algarve do século XVI, Álvaro Диашем. A igreja é armazenado plano antigo da cidade. Em 1828, a igreja foi se encontra montada a torre com o sino.

Em 1924, a igreja de San Sebastián foi incluída na lista de monumentos de importância nacional.