O mosteiro foi fundado por donna Морой Dias em 1280 para freiras-клариссок. O mosteiro durou muito tempo, e em 1311, ele deixou de existir. Em 1316, esposa do rei Диниша I, a rainha Isabel Português, recuperou a este mosteiro.

A rainha Isabel Portuguesa chamado ainda de "rainha Santa" por causa de sua excepcional piedade e retidão. A rainha assim foi famoso por seu bom caráter, fundou hospitais, asilos e escolas. Após a morte de seu marido, o rei Диниша, ela retirou-se a este mosteiro. E em 1336 a rainha morreu e foi sepultada no mosteiro de dentro do túmulo, decorada em estilo gótico. Em 1626 a rainha Isabel foi canonizada por sua misericórdia e de boas obras.

O primeiro arquiteto do mosteiro foi Домингош Домингуес, conhecido por seu trabalho sobre galerias do mosteiro de Alcobaça. Continuou este arquiteto Эштевао Домингуес, que é famoso por suas obras sobre galerias catedral de Lisboa. Em 1330, realizada a santificação do templo, e, mais tarde, para a parte sul da igreja foi пристроен mosteiro. Mosteiro de muitas vezes преподносились doações em dinheiro e presentes. No início do século XVI, a igreja foi decorada com azulejos de sevilha e foram instalados novos altares.

Assim como o convento e a igreja foram construídas na margem esquerda do rio Mondego, o ano de construção foram inundadas saíram das margens das águas do rio. E durante vários séculos, o mosteiro de затапливался muitas e muitas vezes. Devido a inundações freqüentes no mosteiro, foi impossível para o ser, e o rei João IV ordenou a deixar o prédio e se mudar para um novo mosteiro a mosteiro de Santa Clara-a-Nova, construída sobre uma colina perto de um velho edifício. O túmulo com as cinzas da rainha santa Isabel e outros reais de pessoas foi migrado para o novo edifício.

Com o tempo, o antigo mosteiro transformou-se em ruínas. Em 1910, o edifício foi registrado na lista de monumentos de importância nacional, e alguns реконструкционные trabalho foram realizadas na primeira metade do século XX.