A idéia de criação de museu Arqueológico de Almeria surgiu ainda na primeira metade do século 19. A 1837, a partir do próximo a cidade e os seus arredores mosteiros conseguiu retirar 196 pinturas, bem como moedas antigas e lápides, jóias e utensílios de cozinha, referentes ao período de dominação árabe na Espanha. Mas por uma série de razões desconhecidas a abertura do museu, no mesmo período e não foi realizada. Posteriormente, uma parte significativa desses artefatos foi de acervos de museus fora do Almeria e até mesmo no exterior.

A proclamação da Segunda República Espanhola foi o fato de que, em 1933, em Almeria, ainda assim, foi inaugurado o museu Arqueológico, que colocou no edifício do instituto de pesquisa. Originais da coleção do museu representaram os sítios arqueológicos encontrados durante escavações em Almeria e seus arredores. Em 1934, o museu já começou a cooperar com outros музейными de fundos do país. Em 1979, com a expansão das coleções, o museu foi transferido para o edifício onde se encontrava o colégio de Santa Maria del Mar.

Em 1998, por arquitectos Ignacio Garcia Pedrosa e Angela Garcia de Paredes foi construído o novo edifício do museu, atendendo às exigências modernas. Os espaços interiores do novo corpo, espaçosos e luminosos, através da utilização cuidadosamente elaborado sistema de iluminação natural, apresentam um design minimalista, claras, linhas geométricas e espaciais volume. Coleção de museu Arqueológico de Almeria apresentados em exposições, desde o período paleolítico até o período de domínio mouro na península Ibérica.